故事發生在日本江戶時代，出現大蟲危害老百姓，這種蟲是比人類好幾倍的巨大食人蟲，德川吉宗在位的期間，設立了「新中町奉行所」，又稱「蟲奉行所」，招募的同心各個都是強者「蟲狩」，主角月島仁兵衛是少年漫畫中常見充滿熱血的固定咖，在津輕藩（現在青森縣西部）一個偏僻的小山村裡長大，後來代替父親被藩主徵召到江戶，加入「蟲奉行所」消滅盤踞江戶的巨大妖蟲。
「蟲奉行所」的leader，這個銀髮碧眼的女主角，真實身份是豐臣秀賴之女「奈阿姬」。
故事改編奈阿姬的角色，是說在1615年的大坂之陣，大阪城被德川軍攻破，常世之蟲給她妖力，從此後她雙手會散發強烈的劇毒。
史實上的「奈阿姬」也很厲害，在大坂夏之陣結束後，千姬向他爺爺家康請命，保全了奈阿姬的性命，但條件是要奈阿姬出家為尼，當時只有七歲的奈阿姬便被送到鎌倉的東慶寺出家，法號為天秀尼，擔任東慶寺的第二十任住持。因為有家康公做為後盾，天秀尼任職東慶寺住持期間，寺裡的規模不斷的擴大。而且天秀尼很威，在1643年發生「會津騷動」，會津藩昏暴的君主加藤明成跟他家臣堀主水起衝突，堀主水的妻子逃往東慶寺，加藤明成想強行將他抓出來。此時天秀尼向千姬提出「要嘛廢除東慶寺，或者處理掉加藤家」，千姬請他弟弟德川家光處理此事，最後加藤家從會津40萬石被發配邊疆到島根県剩下1萬石的薪水，天秀尼於1645年過世，葬在東慶寺內，豐臣家血統從此完全斷絕，東慶寺的故是推薦大家可以看大泉洋、戶田惠梨香主演《投靠女與出走男》。
在回來說動畫，月島仁兵衛擁有蟲狩最強血脈的基因，又跟爸爸父親月島源十郎學會富嶽三十六劍，然後就要挑戰「真田十傑蟲」。
真田幸村也是在大阪之陣死前得到常世之蟲的妖力，成為真田十傑蟲的首領。
他帶領一萬八千名蟲人進攻江戶，與但反被月島仁兵衛擊敗。
裡面很有趣的一個角色：德川吉宗的長子─德川家重（長福丸），一直戴著能劇面具，他戴著能劇面具潛入奉行所的蟲文庫，是想學習一切關於蟲的知識。
拿掉面具以後，超自戀說自己「帥的讓人無法直視」。
後來被月島仁兵衛救了一命，才發現是個抖Ｍ，還在自己房間架望遠鏡看仁兵衛。
德川家重，是個博學多才的人，但是他天生身體很虛弱，又無法很清楚表達事情，因為這個緣故，大家本來對他弟弟德川宗武比較為看好，不過德川吉宗還是選家重為下任將軍，1745年，德川吉宗讓出將軍的位子，德川家重正式成為第九代將軍。
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